Celem Fundacji jest działanie na rzecz rozwoju inicjatyw społecznych i świadomości społecznej oraz wspieranie Madagaskaru i innych rozwijających się krajów Afryki poprzez:
• pomoc finansową i metodologiczną w zakresie edukacji, głównie poprzez przyznawanie stypendiów (tj. stypendia My Madagaskar oraz bezpłatne kursy angielskiego dla młodzieży prowadzone przez naszych Wolontariuszy)
• wspieranie aktywności społecznej oraz pomoc w wymianie informacji, wiedzy i doświadczeń między Afryką i Europą (np. prezentacje i konferencje poświęcone doświadczeniom Wolontariuszy, różnicom i podobieństwom kulturowym, problematyce współpracy między krajami Europy i Afryki)
• działalność na rzecz dialogu międzykulturowego (jw.)
• działalność wspierającą rozwój gospodarczy Madagaskaru i innych krajów Afryki (stypendia programu My Madagaskar dla najzdolniejszych studentów w danym regionie)
• inicjatywy na rzecz ochrony środowiska Afryki
• promocję państw Afryki w zakresie kultury, turystyki oraz handlu w Polsce i pozostałych krajach Europy (np. koncert muzyki malgaskiej, poza tym jak w pkt 1 i 2)
• walkę ze stereotypami i uprzedzeniami rasowymi (np. partnerstwo w Etnolidze)
• ochronę i promocję zdrowia na kontynencie afrykańskim (np. wspieranie wyjazdu dentysty do trudnodostępnego regionu Wyspy)
• organizowanie pomocy ofiarom katastrof i innych zdarzeń losowych oraz pozostałą działalność charytatywną (np. wsparcie sierocińca Akany Tsimoka w Antananarywie)
Fundacja My Baobab rozpoczęła swoją działalność od projektu stypendialnego, gdyż w edukacji widzimy największy potencjał. Edukacja wyższa, na poziomie pomaturalnym, jest zaś jednym z najmniej dotowanych sektorów w krajach rozwijających się. Naszą ideą jest jednak działanie w wielu aspektach dotyczących pomocy rozwojowej kontynentowi afrykańskiemu.